A partir de entonces la alquimia pasó a ser sólo la transmutación, el cambio de un elemento por otro, en el que se intentaba transformar los metales innobles en nobles; y los alquimistas deseaban poder llevar a cabo este proceso a través de una regresión del material de partida hasta la sustancia inicial, la “prima materia”, para reconstruir el oro a partir de ella. Este proceso estaba ligado a una purificación, a una eliminación de elementos inferiores, y en el mismo sentido debía desarrollarse intelectual y espiritualmente el adepto, el iniciado.

En los siglos pasados, igual que sucede ahora de nuevo, la ciencia estaba estrechamente unida a una conciencia cósmica que aspiraba a la trascendencia, según la cual se intentaba alcanzar todo aquello que traspasara las fronteras de la experiencia y la sabiduría humanas.

En aquellos tiempos todos los sacerdotes eran magos, metafísicos prácticos, personas que intentaban alcanzar los resultados de su trabajo con medios distintos a los del resto de los investigadores (meta = para).